استنكرت حركة الجهاد الإسلامي في فلسطين اتفاق التطبيع السوداني الإسرائيلي  وقالت بأنه خيانة لفلسطين والامة وتهديد لهوية ومستقبل السودان
وأضاف بأن النظام السوداني ينزلق بالسودان نحو الحضن الإسرائيلي ويقدم هدية مجانية لإسرائيل ويدفع من قوت الفقراء والمشردين من الشعب السوداني أموالا طائلة ثمنا لنيل الرضا الامريكي .